1517 yılında Martin Luther, Almanya’da gerçekleştirdiği ıslahatla Katolik Kilisesi’nden ayrılır ve Protestan Kilisesi’ni kurar. Islahattan evvel tüm Katolik ayinlerinde Latince metin okunmaktadır. Luther birinci iş olarak özgün metni Almancaya çevirtir. Sonra Almanca metinler eski, bilindik müziklerin melodisine uyarlanır. Bu ortada her ülke kendi lisanında konuşmaya, dua etmeye ve kendi lisanında müzik söylemeye başlamıştır.
Luther Kilisesi’nin müzik dünyasına en değerli katkısı “koral” isimli ilahi biçimini getirmek olmuştur. Fransa’da “psalm”, İngiltere’de “anthem” olarak anılan bu biçim saf müzikten köklenip gelişmiştir. Almanya’daki Luther Kilisesi’nin müziği 18’inci yüzyılda Johann Sebastian Bach’in besteleriyle doruğa ulaşacaktır. İngiliz müziğinde de tesirini çabucak gösteren Islahat, Thomas Tallis ve William Byrd üzere bestekarları ortaya çıkaracaktır.
Reform, İtalya üzere Katolik ülkelerde Karşı Reform’la sonuçlanmıştır. Kuzey İtalya’da 1545-1563 yılları ortasında toplanan bir heyet (trend konsülü) kilisedeki gevşekliğe karşı tedbirler alma uğraşındadır. Müzik konusunda da yakınmalar vardır: Çoksesliliğin ve halk ezgilerinin kiliseye girmesiyle kutsal ortam bozulmaktadır. Çoksesli bir koroyla kalabalık çalgılar topluluğu, kutsal metnin anlaşılmasını olanaksız kılacaktır. 1562’de Papa, yalın ezgi geleneğindeki sonlu kalıplara dönmeyi ve eski kilise kurallarının uygulanması gereğini duyurur.
Öte yanda, Giovanni Pierluigi da Palestrina, altı sesli Missa Papae Marcelli’yi besteleyip yayınlayarak çoksesliliğin sözcükleri anlamakla bir ilintisi olmadığını, böylesine bir missa’nın hâlâ kutsal nitelikli olabileceğini savunur. Çoksesliliğin sadece bir teknik, yapıta mana kazandırma prosedürü olduğunu ileri sürer. Palestrina, sayısı yüzü aşan missa, 375 motet, pek çok dinî içerikli madrigal ve ilahi bestelemiştir. Yaklaşık yüz kadar da dindışı vokal müzik yapıtı, madrigalleri vardır. Dinî içerikli yapıtlarındaki karanlık renkler onun Orta Çağ geleneğine bağlılığını gösterir. Bach’tan evvel müzik tarihinde hiçbir bestekar, Palestrina kadar ismini duyurmamıştır. Bu ortada birebir yıllarda İtalya’da yaşayan Gioseffo Zarlino da Aristoksenus ve Rameau ortasındaki en kıymetli kuramcıdır. Kontrpuan üstüne bilgiler geliştirmiştir. “Le istitutioni har moniche” en kıymetli yapıtıdır.